Термогенные бактерии (от греч. θέρμη — «тепло» и γενῄς — «рождающий») — нетаксономическая группа бактерий, объединяемая свойством выделять значительное количество тепла в процессе своей жизнедеятельности. Такие бактерии способны нормально существовать при достаточно высоких температурах, поэтому относятся к термофилам (термофильным организмам).

Активно размножаются в субстратах, содержащих значительное количество органических веществ, — навозе, сене, торфе, сложенных в тюки хлопчатобумажных тканях, иногда вызывая их разогрев до 70—80 °C; при этом наиболее интенсивный рост термогенных бактерий наблюдается при температуре 50 °C и выше. Потенциально такой разогрев может привести к самовозгоранию субстрата. Вывод, что разогрев сена и хлопчатобумажных тканей связан именно с деятельностью микроорганизмов, был сделан уже в конце XIX века после того, как оказалось, что после стерилизации эти материалы теряли способность самовозгораться.

На практике термогенные бактерия издавна использовались для одного из способа сушки сена: так называемое «бурое сено» получалось после того, как в стога складывали не высохшее, а ещё влажное сено; оно сильно нагревалось — и выделяемого тепла было достаточно, чтобы его полностью высушить. Для получения высококачественного бурого сена было важно, чтобы складываемая в стог трава была немного влажной, но не слишком сырой, чтобы она при складывании была очень плотно утоптана, а также чтобы внутри стога не было ничего рыхлого (например, соломы); снаружи стог прикрывали соломой. Через несколько дней после такой укладки сено внутри стога разогревалось до очень высокой температуры, а через 6—8 недель полностью высыхало, превращаясь в плотную массу, охотно поедаемую домашними животными.

Термин «термогенные бактерии» (в источнике — Thermogene Bakterien) был предложен в 1893 году немецким ботаником и бактериологом Фердинандом Юлиусом Коном в статье Ueber thermogene Bacterien (с нем. — «О термогенных бактериях»), опубликованной в «Отчётах Немецкого ботанического общества».